W 1480 rozpisano lokalny konkurs na budowę kościoła, a zaproszeni architekci przedłożyli własne projekty. Wybrany został projekt Pietra Lombarda. Kamień węgielny pod budowę kościoła położył w lutym 1481 roku papież Sykstus IV. Kościół został zbudowany w latach 1481–1489 na zlecenie Angelo Amadiego (krewnego Francesca Amadiego) w celu umieszczenia w nim cudownego obrazu, który wówczas do niego należał. Pietro Lombardo zbudował kościół i udekorował go razem z synami. Rok przed rozpoczęciem robót budowlanych postanowiono kościół wyjąć spod władzy parafii i przekazać go klaryskom. Na ich klasztor Amadi przeznaczył znajdujący się w pobliżu swój dom rodzinny, do którego przeniosło się dwanaście zakonnic z klasztoru Santa Chiara w Murano. 30 grudnia 1489 roku cudowny obraz w uroczystej procesji przeniesiono do kościoła i umieszczono na ołtarzu, a 31 grudnia odbyła się konsekracja kościoła. Ponieważ klaryski były zakonem klauzurowym i nie mogły pokazywać się publicznie, wybudowano dla nich specjalny pasaż, łączący ich klasztor z przeznaczoną dla nich galerią nad wejściem do kościoła, co było pierwszym tego typu rozwiązaniem w Wenecji. Kościół był nieprzerwanie użytkowany aż do inwazji napoleońskiej. W 1609 roku przebudowano ołtarz główny.