W grudniu 1992 został mianowany pierwszym wysokim komisarzem OBWE ds. mniejszości narodowych. Urząd ten objął w styczniu 1993, jego mandat był przedłużany dwukrotnie; w lipcu 2001 zastąpił go Rolf Ekéus. Pełniąc tę funkcję, Max Van der Stoel propagował działania prewencyjne i zapobieganie konfliktom poprzez integrację mniejszości narodowych z zachowaniem ich tożsamości, języka i kultury, a także poprzez edukację. Zajmował się m.in. sytuacją rosyjskiej mniejszości narodowej w Estonii i na Łotwie.

Doradzał wysokiemu przedstawicielowi do spraw zagranicznych i polityki bezpieczeństwa Javierowi Solanie w sprawach dotyczących Macedonii. Przyczynił się do powstania Uniwersytetu Europy Południowo-Wschodniej w Tetovie. Był wykładowcą prawa międzynarodowego i europejskiego na Uniwersytecie w Tilburgu.