W 1857 otrzymał Royal Medal, a w 1853 został także członkiem Institut de France.
Późniejsze lata mały|Rycina z A sketch of the vegetation of the Swan River Colony – John Lindley Wybitny botanik w owych czasach, John Claudius Loudon, zaproponował Lindleyowi współpracę nad jego Encyklopedią roślin. Dzieło opisywało prawie 15 tysięcy gatunków roślin kwitnących i paproci. Było to bardzo duże przedsięwzięcie i za jego większość odpowiedzialny był Lindley. Podczas pisania całego dzieła, które zostało ukończone w 1829, i studiowania wzorów, przekonał się do wyższości systemu klasyfikacji naturalnej opracowanej przez Antoine’a Laurenta de Jussieu. Zostało to także odzwierciedlone w dziełach A Synopsis of British Flora i An Introduction to the Natural System of Botany, w których opisywał on gatunki zgodnie z klasyfikacją naturalną.