Nowym dyrektorem został William Hooker.
Lindley napisał bardzo wiele dzieł, w tym The Genera and Species of Orchidaceous Plants, którego napisanie zajęło mu 10 lat. Uznawany był za najważniejszy autorytet w dziedzinie klasyfikacji orchidei. W klasyfikacji Benthama i Hookera (1883) zostało zaakceptowanych 114 gatunków opisanych przez Lindleya, zaś Pfitzer (1889) zaakceptował 127 gatunków. Przez wiele lat Lindley opisał bardzo dużą liczbę nowych gatunków orchidei i wielu innych roślin. Każdy opisany gatunek posiadał dołączoną zwięzłą charakterystykę. Na jego cześć nazwano ponad 200 gatunków roślin, dołączając epitety lindleyi, lindleyana, lindleyanum, lindleyanus, lindleya, lindleyoides.
W 1861 Lindley przewodniczył organizacji wystaw z kolonii brytyjskich na wystawie międzynarodowej w South Kensington. Pogarszała się jego pamięć. W tym samym roku zrezygnował ze swojego stanowiska na uniwersytecie oraz dwa lata później także ze stanowiska w Królewskim Towarzystwie Ogrodniczym. W 1863 udał się do kurortu Vichy, ale jego stan zdrowia nadal się pogarszał.