W międzyczasie stwierdzono, że ważniejsza niż zadania rozpoznawcze jest obrona floty handlowej przed niemieckimi samolotami rozpoznawczo-bombowymi Fw 200 Condor, w związku z tym 29 maszyn z zamówionych 49 postanowiono zbudować w wersji myśliwca dziennego. 29 grudnia 1940 podpisano kontrakt na dostawę 150 maszyn w wersji myśliwskiej i w tym też czasie nadano maszynie nazwę Mosquito (ang. – komar, moskit).
Po rozpoczęciu w końcu 1940 nocnych ataków bombowych na Wielką Brytanię rozważano również opracowanie wersji myśliwca nocnego. 15 maja 1941 do pierwszego lotu wystartował prototyp nocnego myśliwca Mosquito II. Miał wzmocnione drzewce i cztery pokładowe działa kal. 20 mm pod dziobem kadłuba, cztery karabiny maszynowe na dziobie, pancerne szkło czołowe w kabinie i wciąż tajny pokładowy radar AI. Wejście znajdowało się teraz po prawej stronie, a nie przez właz w podłodze. Z tyłu kadłuba zainstalowano pneumatyczny hamulec aerodynamiczny.
W nocy z 30 na 31 grudnia 1941 NF Mk.II również odbył swoją pierwszą misję nocnego myśliwca i wkrótce zastąpił swojego poprzednika, Bristol Beaufighter, którego prędkość była o prawie 80 km/h mniejsza.