Dostarczony do jednostek w styczniu 1943 roku. PR.IX – pierwsza seryjnie produkowana wersja rozpoznawcza napędzana silnikami Merlin 72 z dwubiegową sprężarką mechaniczną, rozwijającymi moc 1680 KM (1255 kW). Wersja PR.IX została wprowadzona równolegle z podobną wersją bombową B.IX. Pierwsze samoloty trafiły do 540. Dywizjonu RAF w kwietniu 1943 roku. Mosquito PR.IX był wyposażony w nowy typ skrzydła umożliwiającego podwieszenie 227-litrowych standardowych zbiorników z paliwem lub nowych o zwiększonej do 454 litrów pojemności, powiększających zasięg maszyny do 3950 km. Możliwe było także przenoszenie dwóch bomb o masie 225 kg każda i chociaż PR.IX bardzo rzadko przenosiły bomby burzące, to latem 1943 roku wprowadzono do uzbrojenia wersję amerykańskiej bomby oświetlającej M46 znacząco zwiększającej efektywność nocnych misji rozpoznawczych. Łącznie zbudowano 90 egzemplarzy samolotów tej wersji. W ośmiu maszynach PR.IX wymieniono silniki na wzmocnione Merlin 76/77, napędzające amerykańskie czterołopatowe śmigła, umożliwiające osiągnięcie lepszych parametrów lotu na dużych wysokościach kosztem osiągów na niskim pułapie. PR.XVI – wyposażony w silniki Merlin 72 i ciśnieniową kabinę samolot rozpoznawczy oblatany w lipcu 1943 roku. W tej wersji wprowadzono po raz pierwszy dodatkową osłonę półkulistą do obserwacji dookólnej.