Odejście 30 marca 2005 roku BBC ogłosiło, że Eccleston nie pozostanie na kolejną serię, ponieważ nie chce stać się rozpoznawalnym tylko z tej roli. 4 kwietnia BBC oświadczyło, że informację tę podano bez zgody Ecclestona, łamiąc w ten sposób warunki kontraktu zawartego z aktorem. W rozmowie dla Yorkshire Evening Post Christopher Eccleston oficjalnie zaprzeczył podanemu przez BBC informacji o tym, że odszedł z powodu podanego w oświadczeniu BBC, wyjaśniając, że rzeczywistym powodem odejścia był jego brak porozumienia z ekipą produkcyjną oraz chęć pozostania wiernym własnym zasadom. Dodał również, że myślał o tym, by zostać, co zapewniłoby mu ogromne pieniądze i świetną rozpoznawalność, jednak ceną byłoby robienie rzeczy, na które nie miał najmniejszej ochoty.

W marcu 2013 roku BBC poinformowało, że Christopher Eccleston odmówił powrotu do roli na specjalny odcinek na 50-lecie istnienia serialu. Steven Moffat, producent wykonawczy serialu od 2010 roku przyznał, że był prawie pewny, że Eccleston nie będzie chciał powrócić, ale zgodził się na kilka spotkań.

Historia postaci Dziewiąty Doktor zregenerował się na sam koniec Ostatniej Wielkiej Wojny Czasu z Doktora Wojny, który brał w niej udział.