Runda play-off Zgodnie z decyzją podjętą podczas posiedzenia Komitetu Wykonawczego AFC rozegrana została runda play-off dla drużyn z czwartych miejsc, które nie uzyskały bezpośredniego awansu do trzeciej rundy jako jedna z najlepszych drużyn z czwartych miejsc oraz dla drużyn, które zajęły piąte miejsca w swoich grupach. Format rozgrywek to dwie rundy w systemach mecz i rewanż które wyłoniły sześć zespołów, które dalej uczestniczyły w eliminacjach. Pary zostały wylosowane dnia 7 kwietnia 2016 roku w Kuala Lumpur.
Podział na koszyki 11 drużyn zostało zakwalifikowanych do udziału w fazie play-off. Wszystkie drużyny, które zajęły czwarte miejsca w swoich grupach w drugiej rundzie zostały przydzielone do 1 koszyka. Spośród drużyn, które zajęły piąte miejsce została stworzona klasyfikacja na podstawie której uszeregowano drużyny. Najwyżej sklasyfikowana reprezentacja Laosu została przydzielona do pierwszego koszyka, natomiast najniżej sklasyfikowana reprezentacja Bhutanu nie wystąpiła w pierwszej rundzie i do rywalizacji dołączyła dopiero w decydującej drugiej rundzie. Pozostałe ekipy rozpoczęły rywalizację już od pierwszej rundy i były losowane z drugiego koszyka.