W skład Zarządu Rejestracyjnego wchodziły dwa wydziały: agenturalny (wywiadowczy) – 39 osób według etatu i kontroli wojskowej (kontrwywiadu) – 157 osób. Oprócz wywiadu strategicznego i operacyjnego, Zarząd prowadził działania celem uzyskania informacji wojskowo-technicznych i informacji o zaawansowanych osiągnięciach naukowych w sferze wojskowej.
Wywiadem wojskowym zajmował się również oddział wywiadowczy Zarządu Operacyjnego z etatem 15 osób, służba informacyjna pozostała także w Wojskowym Wydziale Statystycznym. Dlatego też, pomimo utworzenia centralnego organu, cały wywiad wojskowy pozostał rozdrobniony.
W listopadzie 1918 roku w Moskwie otwarto nową szkołę - Kursy wywiadu i kontroli wojskowej. Program szkolenia obejmował naukę przedmiotów ogólnowojskowych (artyleria, geografia, służba łączności, administracja, taktyka, topografia) i specjalistycznych (piechoty, artylerii, kawalerii, inżynierii wojskowej, kawalerii, topografii wojskowej, wywiadu agenturalnego i kontrwywiadu).