Strzępki hialinowe, o szerokości 1,6–4,8 μm, słabo rozgałęzione, głównie cienkościenne, ale w rdzeniu trafiają się również strzępki grubościenne. We wszystkich częściach owocnika występują grubościenne, dichonomicznie rozgałęzione dichohyfidy i drzewkowate dendrohyfidy o szerokości 0,8–3,2 μm. Dichonomiczne strzępki mają długość do 55 μm. W katahymenium występują hyfidy, gloeocystydy i podstawki. Hyfidy mają szerokość do 4,5 μm. Podstawki wydłużone, cylindryczne z przewężeniem, 4- sterygmowe. Mają rozmiar 30–45 × 4–5 μm. Zarodniki gładkie i cienkościenne, o kształcie od soczewkowatego do wrzecionowatego z jednym końcem zaokrąglonym, drugim zaopatrzonym w długi spiczasty wyrostek. Często wyrostek ten oddzielony jest od głównej części zarodnika przez pseudo-przegrodę. Gatunki podobne Vararia investiens posiada charakterystyczne cechy mikroskopowe, po których łatwo można ten gatunek rozpoznać: występowanie sprzążek na strzępkach generatywnych oraz pseudoprzegrody na zarodnikach. Te dwie cechy łącznie nie występują u żadnego z podobnych morfologicznie gatunków.