organizacja wprowadziła do niej swoich przedstawicieli i była jedną z sześciu dominujących formacji (wszystkie wywodziły się z irackiej emigracji). W sierpniu 2003 zginął w zamachu bombowym w An-Nadżafie. Kierownictwo w organizacji przejął po nim brat, Abd al-Aziz al-Hakim. Abd al-Aziz al-Hakim w imieniu partii brał udział w opracowywaniu projektu nowej konstytucji Iraku.
W wyborach parlamentarnych w Iraku w styczniu 2005 partia startowała jako część szyickiej koalicji - Zjednoczonego Sojuszu Irackiego, który odniósł sukces, uzyskując 48,2% głosów (140 mandatów w 328-osobowej Izbie Reprezentantów). Podobnie w wyborach parlamentarnych w grudniu 2005 Zjednoczony Sojusz Iracki, z udziałem Rady, zwyciężył z wynikiem 41,2% (128 mandatów). W nowo utworzonym rządzie Nuriego al-Malikiego ministrem spraw wewnętrznych został działacz Rady Bakir Dżabr az-Zubajdi. Za jego przyzwoleniem szyickie organizacje militarne dokonały szeregu zabójstw byłych działaczy partii Baas oraz niezwiązanych z nią sunnitów bagdadzkich.
Cztery lata później, w wyborach samorządowych w 2009, Najwyższa Rada Islamska wystawiła odrębną listę i wystartowała pod hasłami religijnymi. Uzyskała jednak znacznie niższe poparcie niż do tej pory. W 2009 zmarł Abd al-Aziz al-Hakim.