Krytyka i kontrowersje Pierwsze kontrowersje związane z postacią pastora Michała Jabłońskiego dotyczyły jego rozwodu (w trakcie którego wziął na siebie winę za rozkład małżeństwa) i zawarcia powtórnego związku małżeńskiego. Ówczesne prawo Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w RP nie definiowało precyzyjnie, jak należy w takich sytuacjach postępować, więc władze Kościoła nałożyły na duchownego karę w postaci odebrania mu biernego prawa wyborczego na 10 lat (co pozbawiło Michała Jabłońskiego między innymi możliwości kandydowania na urząd superintendenta generalnego Kościoła w 2022).
W związku z działalnością pastora Jabłońskiego i jego wystąpieniami publicznymi doszło również do jego sporu z częścią członków Kolegium Kościelnego parafii warszawskiej co doprowadziło do tego, że w pierwszej połowie 2021, Kolegium podało się do dymisji i zarządzono nowe wybory. Wcześniej jednak czterech członków tego Kolegium złożyło do Konsystorza Kościoła Ewangelicko-Reformowanego wniosek o powołanie komisji dyscyplinarnej w sprawie pastora Jabłońskiego (nie była to uchwała kolegium jako gremium reprezentującego parafię, a jego poszczególnych członków, którzy nie mogli działać w imieniu kolegium).