4 maja 2000 roku prezydent RP Aleksander Kwaśniewski odwiedził 3 pułk saperów w Dębicy z okazji 120. rocznicy utworzenia Garnizonu Wojskowego w Dębicy i dokonał odsłonięcia obelisku z tablicą pamiątkową „Chwała Saperom” – poświęconą saperom poległym podczas II wojny światowej.
Od 1999 do 2000 roku saperzy z Dębicy zlikwidowali 30 tysięcy sztuk „zardzewiałej śmierci”.
Pułk został rozformowany na podstawie rozkazu Szefa Sztabu Generalnego WP nr 082/Org./P5 z 9 marca 2001, następnie rozkazu Dowódcy Wojsk Lądowych nr 064/Org. z 3 kwietnia 2001 roku, następnie rozkazu Dowódcy Śląskiego Okręgu Wojskowego nr Pf-16/Org. z 19 kwietnia 2001 i ostatecznie rozkaz Dowódcy Korpusu Powietrzno-Zmechanizowanego nr Z-64 z 23 maja 2001 r.
Misje Żołnierze pułku uczestniczyli w następujących misjach pokojowych: UNDOF – Siły Narodów Zjednoczonych ds. Nadzoru Rozdzielenia Wojsk na Wzgórzach Golan, UNIFIL – Tymczasowe Siły Zbrojne Narodów Zjednoczonych w Libanie, UNPROFOR – Siły Ochronne Narodów Zjednoczonych w Jugosławii SFOR – (tereny byłej Jugosławii), UNTAC – Wojskowy Zespół Łącznikowy Narodów Zjednoczonych w Kambodży.
Dowódcy pułku płk dypl. Henryk Wolski – od 1 maja 1995 do 4 kwietnia 1997 płk dypl.