W listopadzie reżyser ujawnił, że do głównych ról chciałby zaangażować Leonardo DiCaprio i Seana Penna.
W marcu 2012 produkcja została wstrzymana, ponieważ wytwórnia New Regency Productions wynajęła Inárritu do wyreżyserowania adaptacji jednej z powieści Jennifer Vogel. W grudniu reżyser ogłosił, że jego kolejnym filmem będzie Birdman, za którego zdobył Oscara w 2015. Ostatecznie ustalono, że zdjęcia do Zjawy ruszą po zakończeniu produkcji Birdmana.
Zdjęcia Główne zdjęcia ruszyły w październiku 2014 roku. Podczas produkcji reżyser był stanowczo za tym, by scenerie były całkowicie naturalne, a nie generowane komputerowo, co miało podkreślić ambitną naturę filmu. W grudniu zaplanowano dwutygodniową przerwę, która przedłużyła się do sześciu tygodni, przez co aktor Tom Hardy musiał zrezygnować z innego projektu. W lutym 2015 roku Inárritu stwierdził, że produkcja potrwa do końca kwietnia lub maja, ponieważ ekipa filmowa realizuje zdjęcia w tak odległych miejscach, że czas na dotarcie na miejsce i powrót zajmuje im czterdzieści procent całego dnia.