W latach 1888–1895 nauczyciel chemii, technologii rolnej i kierownik stacji chemicznej w Czernichowie. W 1895 powołany na nauczyciela w C.K. Wyższej Szkole Realnej w Stanisławowie. W latach 1900–1924 dyrektor Wyższej Szkoły Realnej w Tarnowie.
W 1894 wymieniany nadal jako członek C.K. Komisji Fizjograficznej i kierownik czernichowskiej stacji oceny nawozów sztucznych. 25 lutego 1895 w sądzie krajowym karnym złożył przysięgę na stałego sądowego rzeczoznawcę w sprawach chemii rolniczej i technologicznej.
W 1907 jeden z inicjatorów powstania pomnika i stypendium im. Bronisława Trzaskowskiego. Członek Dyrekcji Miejskiej Kasy Oszczędności w Tarnowie. Był jednym z inicjatorów budowy wodociągu w Tarnowie (1910). W 1906 i 1912 wybrany do Rady Miasta Tarnowa. Cesarz Franciszek Józef I nadał Karolowi Trochanowskiemu tytuł radcy rządu w 1912.
W 1894 poślubił Marię Ipohorską-Lenkiewicz (z domu), wdowę po Janie Mikucińskim.
Zmarł po długiej i ciężkiej chorobie 10 stycznia 1929 w Krakowie. Pochowany został na Starym Cmentarzu w Tarnowie.