W 1995 roku Marotta został zatrudniony przez Maurizio Zampariniego w Venezii, grającej wtedy w Serie B. Dobre zarządzanie klubem zaowocowało awansem do Serie A, pierwszym po ponad 30 latach. Marotta opuścił Venezię po zakończeniu sezonu 1999/2000, kiedy klub spadł ponownie do Serie B. Przez następne dwa sezony Marotta pracował w klubie Serie A Atalanta BC. Nerazzurri zakończyli tamte sezony na odpowiednio 7. i 9. miejscu w tabeli.
Sampdoria Po zakończeniu sezonu 2001/2002 Marotta ponownie zmienił klub i został zatrudniony przez nowego właściciela Sampdorii Riccardo Garrone. Włoski przedsiębiorca przejmował będący w ogromnym kryzysie klub z Genui, który miał za sobą najgorszy sezon w historii. Nowy dyrektor generalny powołał na stanowisko trenera Sampdorii Waltera Novellino, którego znał ze wspólnej pracy w Venezii, a także przeprowadził transfery kilku znanych i perspektywicznych zawodników, jak Angelo Palombo, Maurizio Domizzi i Andrea Gasbarroni. Zmiany w klubie zaowocowały zajęciem drugiego miejsca w sezonie 2002/2003 w rozgrywkach Serie B, a co za tym idzie awansem do Serie A. Przed rozpoczęciem nowego sezonu Marotta sprowadził do klubu dwa znane nazwiska, Cristiano Doniego i Francesco Antoniolego, a klub zakończył rozgrywki ligowe na 8.