Na nowego szkoleniowca ekipy z Genui Marotta zatrudnił Luigiego Delneriego, który miał za sobą dwa udane sezony w Atalancie BC. W letnim oknie transferowym do Sampdorii przyszło kilku solidnych włoskich zawodników, jak Daniele Mannini, Fernando Tissone, Nicola Pozzi czy Marco Storari. Dzięki udanym ruchom transferowym i 28 bramkom duetu Cassano – Pazzini, prowadzona przez Luigiego Delneriego Sampdoria zajęła czwarte miejsce w Serie A i pierwszy raz od wielu lat awansowała do kwalifikacji Ligi Mistrzów. Tuż przed zakończeniem sezonu 2009/2010 w mediach pojawiły się spekulacje, że zatrudnieniem Marotty zainteresowany jest najbardziej utytułowany włoski klub – Juventus F.C. Właściciel Sampdorii Riccardo Garrone powiedział w jednym w wywiadów, że nie będzie robił przeszkód w odejściu swojego dyrektora generalnego do bardziej prestiżowego klubu.
Juventus W maju 2010 roku nowo mianowany prezydent Juventusu Andrea Agnelli zatrudnił Marottę za stanowisku dyrektora generalnego, który objął tę funkcję po Alessio Secco. Marotta podpisał trzyletni kontrakt do czerwca 2013 roku i postanowiono przed nim zadanie odbudowy klubu, który cztery lata po aferze Calciopoli zajął rozczarowujące 7. miejsce w ligowej tabeli.