29 czerwca 2015 Fofana został wypożyczony do francuskiego klubu SC Bastia na sezon 2015/2016. Jego debiut miał miejsce 8 sierpnia w meczu przeciwko Stade Rennais, w którym rozegrał pełne 90. minut. 16 stycznia 2016 otrzymał czerwoną kartkę w meczu przeciwko Montpellier HSC, po czym został zawieszony na cztery mecze.
15 czerwca 2016 Seko Fofana podpisał pięcioletni kontrakt z włoskim klubem Udinese Calcio, a koszt jego zakupu wyniósł 2,5 miliona funtów. Zadebiutował w pierwszym meczu sezonu przeciwko AS Romie, grając do 79. minuty, gdy został zmieniony.
W sierpniu 2020 zawarł czteroletnią umowę na grę we francuskim RC Lens, a koszt jego zakupu wyniósł 8 milionów funtów. Po dwóch latach gry, w 2022, Fofana podpisał nową umowę z francuskim klubem, obowiązującą na kolejne trzy lata.
18 lipca 2023 podpisał trzyletni kontrakt z saudyjskim klubem Al-Nassr. Kosz zakupu Fofany z Lensu wyniósł 25 milionów euro. Zadebiutował 18 sierpnia 2023 w meczu z Al-Taawoun grając 76. minut.
30 stycznia 2024 został wypożyczony do saudyjskiego klubu Al-Ettifaq na pół roku. W Al-Ettifaq zadebiutował 26 lutego 2024 w meczu ligi saudyjskiej z Al-Hilal, w którym zagrał 90. minut. Mecz zakończył się wynikiem 0:2 dla Al-Hilal.
26 sierpnia 2026 roku ponownie został wypożyczony do FC Porto.