Ponieważ po wojnie domowej w Hiszpanii reżim Franco zakazał stosowania zagranicznych komponentów we wszystkich klubach sportowych i ich nazwach, dlatego 19 lipca 1941 roku nastąpiła zmiana nazwy klubu na Club Deportivo Málaga.
W 1948 klub przejął juniorski klub CD Santo Tomás i przekształcił go w swoją rezerwową drużynę o nazwie Club Atlético Malagueño.
W sezonie 1949/50 CD Málaga po raz pierwszy w historii awansowała do Primera División. W pierwszej lidze spędził łącznie 20 sezonów. Po zakończeniu sezonu 1991/92 klub został rozwiązany z powodu trudności finansowych. Jednak jego rezerwowy klub Club Atlético Malagueño nie zaprzestał swojej działalności. 19 grudnia 1993 roku Malagueño zmienił nazwę na Málaga Club de Fútbol S.A.D.
Barwy klubowe, strój BiałyNiebiescy Klub ma barwy biało-niebieskie. Zawodnicy domowe spotkania zazwyczaj grali w biało-niebieskich pasiastych pionowo koszulkach, niebieskich spodenkach oraz niebieskich getrach
Sukcesy Trofea międzynarodowe Nie uczestniczył w rozgrywkach europejskich (stan na 31-05-2019).
Trofea krajowe
Tercera División: (D3) mistrz (1x): 1943/44, 1945/46, 1959/60