Neurochirurgii Dziecięcej Klinika Neurologii Oddział Kliniczny Ortopedii i Traumatologii Narządu Ruchu Klinika Otolaryngologii i Laryngologii Onkologicznej z Pododdziałem Audiologii i Foniatrii Klinika Pediatrii, Alergologii i Gastroenterologii Klinika Pediatrii, Hematologii i Onkologii Klinika Psychiatrii Klinika Rehabilitacji Klinika Urologii Ogólnej, Onkologicznej i Dziecięcej Klinika Transplantologii i Chirurgii Ogólnej Oddział Medycyny Paliatywnej
Zakłady Zakład Diagnostyki Laboratoryjnej Zakład Endoskopii Gastroenterologicznej Zakład Endoskopii i Badań Czynnościowych Przewodu Pokarmowego Wieku Rozwojowego Zakład Mikrobiologii Klinicznej Zakład Neuropsychologii Klinicznej Zakład Patomorfologii Klinicznej Zakład Radiologii i Diagnostyki Obrazowej
Oddziały i Zespoły w strukturze Kliniki Psychiatrii Oddział Psychiatryczny I Ośrodek Leczenia Zaburzeń Psychicznych, Lękowych i Afektywnych: - Oddział Psychiatryczny II - Oddział Zaburzeń Lękowych i Afektywnych Oddział Leczenia Uzależnień Oddział Psychiatryczny dla Dzieci i Młodzieży Oddział Dzienny Psychiatryczny Oddział Dzienny Zaburzeń Lękowych i Afektywnych Oddział Dzienny Rehabilitacji Psychiatrycznej dla Dzieci i Młodzieży Zespół Leczenia Środowiskowego Zespół Poradni Zdrowia Psychicznego Psychiatryczna Izba Przyjęć / Punkt Zgłoszeniowo-Koordynacyjny CZP Bydgoszcz
Centrum Urazowe