W latach 90. XX w. trwała nadal rozbudowa szpitala o nowe budynki i kliniki. W 1994 r. rozpoczęto adaptację wieżowca dla klinik dziecięcych, w 1997 r. uruchomiono zespół poradni przyklinicznych, a rok później m.in. klinikę kardiochirurgii. Zarządzeniem Ministra Zdrowia z 4 grudnia 1998 r. szpital został przekształcony w samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej, a 19 lipca 2001 r. organem założycielskim placówki stała się Akademia Medyczna im. L. Rydygiera w Bydgoszczy. W 2001 r. oddano do użytku 10-kondygnacyjny wieżowiec, w którym umieszczono kliniki przeniesione z innych szpitali.
8 października 2004 roku Akademia Medyczna im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy została włączona do Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, jako Collegium Medicum, a 25 stycznia 2005 roku Senat UMK uchwalił nową nazwę szpitala, która brzmi: Szpital Uniwersytecki im. dr. Antoniego Jurasza w Bydgoszczy. W 2015 roku ukończono rozbudowę szpitala (ok. 300 mln zł) m.in. o: zespół sal operacyjnych z Oddziałem Anestezjologii i Intensywnej Terapii, Centralną Sterylizatornię, Klinikę Hematologii z ośrodkiem przeszczepiania szpiku kostnego oraz nowy Szpitalny Oddział Ratunkowy.