Przemierzając miasto postać natyka się na okupowane przez wrogów strażnice, posterunki strażnicze, drony latające i bomby ukryte pod asfaltem. Niektóre drony można zhakować za pomocą urządzenia do zdalnego hakowania i wykorzystać przeciwko ich właścicielom. W Arkham Knight wprowadzony został manewr nazywany „powaleniem z zastraszeniem”, podczas którego Batman może powalić z rzędu maksymalnie pięciu przeciwników, o ile pozostanie niezauważony – podczas każdego ataku czas zostaje spowolniony, co pozwala namierzyć następnego wroga. Walka nagradzana jest punktami doświadczenia, które następnie wydać można na odblokowanie lub ulepszanie gadżetów, ruchów i pancerza. W odróżnieniu od poprzednich odsłon, do kratek szybów wentylacyjnych można dostać się z odległości, a następnie ześlizgnąć się z szybu i znaleźć się od razu pod podłogą.
W grze wprowadzony został szereg misji pobocznych, do których można przystąpić w dowolnym momencie. Jednym z rodzajów zadań jest „Poszukiwani”, polegający na schwytaniu znanych z uniwersum Batmana superzłoczyńców. Przykładowo Człowiek-Zagadka, zleca Batmanowi rozwiązanie 243 jego zagadek, a wyzwanie polega na zbieraniu trofeów ukrytych po całym mieście, w tym m.in. przy użyciu batmobilu.