Po pracy w szpitalu zajmował się inwestowaniem na rynku finansowym, co pochłaniało go tak bardzo, iż podczas jednego z zabiegów zasnął na stojąco i przewrócił się na stół operacyjny, co poskutkowało wyrzuceniem go z sali przez chirurga przeprowadzającego operację.
Kariera biznesowa Burry zrezygnował z pracy w szpitalu na Uniwersytecie Stanforda w celu rozpoczęcia pracy jako inwestor w utworzonym przez niego funduszu hedgingowym. Zyskał on już reputację w świecie biznesu dzięki swoim dotychczasowym sukcesom w inwestowaniu które opisywał na forach dyskusyjnych portalu Silicon Investor od 1996 roku.
W listopadzie 2000 roku Burry założył fundusz Scion Capital, na który przeznaczył środki pochodzące ze spadku i pożyczek otrzymanych od rodziny. Fundusz szybko zanotował ogromne zyski. Według Lewisa „w swoim pierwszym roku, podczas gdy S&P 500 spadł o 11,88%, Scion Capital wzrósł o 55%. Rok później, gdy indeks znowu stracił na wartości o 22,1%, Scion zyskał 16%. W następnych latach zyski funduszu ponownie przewyższały notowania indeksu S&P 500, a pod koniec 2004 roku Michael Burry zarządzał 600 milionami dolarów.