Innymi słowy, należy znaleźć najkrótsze drzewo filogenetyczne.
Futuyma tłumaczy zastosowanie tej metody na przykładzie waleni. Dla uproszczenia analizuje on tylko 2 z wielu możliwych drzew filogenetycznych (poniżej, uproszczono i zmodyfikowano):
Zgodnie z taką hipotezą walenie są bliskimi krewnymi ryb. Tutaj stanowią grupy siostrzane tworzące razem klad, którego synapomorfią są płetwy. Jednak obręcz barkowa, szkielet kończyn, płuca oraz żuchwa złożona z pojedynczej kości zębowej musiałyby się u wielorybów wykształcić niezależnie od wykształcenia tych samych cech u ssaków lądowych, jak hipopotam. Cechy te stanowiłyby homoplazje. Rozwiązanie zakłada dla wyjaśnienia obserwowanego rozkładu cech 9 zmian ewolucyjnych, w tym 4 homoplazje.
Ta hipoteza traktuje tuńczyka jako grupę zewnętrzną dla całej reszty analizowanych taksonów, tworzących klad charakteryzujący się obręczą barkową, szkieletem kończyn i płucami. Rozwiązanie takie zakłada 6 zmian ewolucyjnych wyjaśniających rozkład cech, w tym tylko 1 homoplazję: obecność płetw u wielorybów i tuńczyka.