A. wilsoni był wcześniej zaliczany do grupy gatunkowej A. subspinosus, a następnie na podstawie analiz genetycznych i molekularnych uznano go za odrębny gatunek, blisko spokrewniony z A. percivali z którą występuje sympatrycznie; także uzębienie tych dwóch gatunków jest bardzo podobne, ale A. wilsoni ma krótszy ogon w stosunku do reszty ciała. Gatunki te są filogenetycznie odrębne od pozostałych kolcomyszy. Filogeneza molekularna przeprowadzona w, 2011 roku wykazała dużą różnorodność w Tanzanii, a A. wilsoni jest prawdopodobnie kompleksem gatunkowym na podstawie sekwencji mtDNA (cytochrom b). Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają pięć podgatunków.
Etymologia Acomys: akē „ostry punkt”; μυς mus, μυός muos „mysz”. wilsoni: D.J. Wilson, pracownik Brytyjskiej Kompanii Wschodnioafrykańskiej, kolekcjoner z Mombasy. ablutus: „umyty, oczyszczony”, od abluere „myć, prać”. argillaceus: nowołac. argillaceous „gliniany, z gliny”, od argilla „glina”, od gr. αργιλλος argillos „biała glinka, ziemia garncarza”. enid: Winifred Enid Blunt z domu Dent (1910–2011), córka kpt. Richarda Edwarda Denta, brytyjskiego osadnika z Kenii, plantatora, kolekcjonera, myśliwego. nubilus: łac.