Po wybuchu II wojny światowej zostaje ponownie powołany do wojska i bierze udział w kampanii wrześniowejPiotr W. Kochański, Julian Jednaszewski, Ogrody wspomnień. W czasie okupacji wstępuje w Wilnie do Związku Walki ZbrojnejZofia Pawłowicz, Losy Juliana Jednaszewskiego – Ofiary Zbrodni Ponarskiej i jego rodziny. Do jego zadań należała opieka nad młodzieżą wileńską z konspiracyjnego Związku Wolnych Polaków, którą przygotowywał do służby wojskowej. Po wkroczeniu wojsk niemieckich do Wilna latem 1941 r. rządy w mieście przejęła kolaboracyjna administracja litewska. 11 września 1941 r. Julian Jednaszewski został aresztowany przez Saugumę – litewską policję bezpieczeństwa na służbie Niemiec. Pierwsze sześć tygodni Jednaszewski był przetrzymywany w areszcie przy ul. Ofiarnej, potem zaś trafił do więzienia na ŁukiszkachZofia Pawłowicz. Tam był torturowany, nikogo jednak ze swoich współtowarzyszy z konspiracji nie wydałPiotr W. Kochański. Zimą 1941/1942 w związku z gwałtownym pogorszeniem stanu zdrowia trafił do szpitala więziennego, skąd udało mu się przekazać rodzinie grypsy, w których udzielał wskazówek, jakie działania trzeba podjąć w celu jego uwolnienia.