Umieszczenie podrodziny w odpowiedniej rodzinie bywało już kwestią problematyczną, ponieważ różni autorzy definiowali od jednej do sześciu rodzin skoczkowców. Część z nich optowała za podniesieniem każdej z podrodzin do rangi osobnej rodziny i wtedy skocznik długouchy należałby do rodziny obejmującej tylko ten rodzaj. Inni natomiast optowali za dużą rodziną skoczkowatych obejmującą także smużki i skoczomyszki. Najczęściej stosowany podział zalicza jednak skocznika długouchego do mniej licznej w gatunki rodziny skoczkowatych, czyniąc skoczniki jedną z czterech podrodzin skoczkowatych, obok skoczków, alaktag i mikroskoczków, podczas gdy smużki i skoczomyszki wydziela się do odrębnych rodzin. Pokrewieństwo pomiędzy podrodzinami również nie jest jednoznaczne i było w literaturze przedmiotem różnych ujęć. Wydaje się jednak w każdym razie, że skoczkowowate wyewoluowały w Azji Środkowej.
Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają trzy podgatunki.
Etymologia Euchoreutes: eu „dobry, ładny”;