Raw Women’s Champion (2016–2017) thumb|upright|Flair z tytułem Raw Women’s Championship we wrześniu 2016 Na WrestleManii wygrała Triple Threat match o nowy tytuł federacji – Women’s Championship. Tym samym stała się również ostatnią w historii posiadaczką Divas Championship. Charlotte skonfrontowała się z Natalyą noc później na Raw, a tydzień później obroniła pas mistrzowski w walce z nią. 18 kwietnia, Shane McMahon ustalił datę walki rewanżowej pomiędzy zawodniczkami na galę Payback. Tego samego dnia Natalya wyjawiła, że w jej narożniku stanie jej wujek, Bret Hart. Na gali, Charlotte pokonała Natalyę w kontrowersyjny sposób; sędzia Charles Robinson zakończył pojedynek gdy Charlotte wykonała Sharpshooter na rywalce, pomimo iż Natalya nie poddała się. Było to nawiązanie do niesławnego „Montreal Screwjobu”. Miesiąc później, mistrzyni obroniła tytuł mistrzowski w Submission matchu z Natalyą. W walkę zainterweniowała przebrana za Rica Flaira Dana Brooke. Następnej nocy, Charlotte odwróciła się od ojca, twierdząc, że „już go nie potrzebuje” i połączyła siły z Brooke. Na Money in the Bank, Charlotte i Brooke pokonały Becky Lynch i Natalyę w starciu drużynowym, a po gali rozpoczęły rywalizację z powracającą Sashą Banks. W lipcu, w wyniku WWE Draftu, Charlotte stała się członkinią brandu Raw.