Dopiero po zniszczeniach z okresu wojny trzynastoletniej odbudowano ją w formie znacznie bardziej okazałej, trójnawowej, bazylikowej (czyli z nawą główną wyższą od naw bocznych), dodając murowaną podstawę wieży od strony zachodniej i nowy szczyt wschodniT. Jażdżewski, Badania i możliwości adaptacji ruin kościoła we Wocławach, [w:] Dziedzictwo architektoniczne. Badania oraz adaptacje budowli sakralnych i obronnych, red. E. Łużyniecka, Wrocław 2019, s. 55-56. Według autora górna cześć wieży gotyckiej wzniesiona była z drewna i przypominała swoją formą zachowane do II wojny światowej, a zrekonstruowane współcześnie, wieże kościołów w Trutnowach i Cedrach Wielkich. Po pożarze w 1729 r. wieża świątyni w Wocławach została z kolei odbudowana w konstrukcji szkieletowej, która przetrwała do 1945 r.. Nie wiadomo, jakie było wezwanie tego kościoła, ponieważ nie zostało one utrwalone w źródłach, a po przejęciu kościoła przez luteran w XVI w. uległo ono zapomnieniuKatalog Zabytków Sztuki, t. V: Województwo gdańskie, z. 1: Pruszcz Gdański i okolice, pod red. B. Rol i I. Strzeleckiej, Warszawa 1986, s. 68..