farmakoforu, którą można przeprowadzać przy użyciu różnych programów komputerowych oraz różnych algorytmów, zostaje zwykle zbudowanych więcej niż jedna propozycja farmakoforu.
Zastosowania Określenie farmakoforu znajduje zastosowanie na różnych etapach projektowania leków (natomiast jest kluczowym etapem projektowania leków w przypadku, gdy brakuje danych dotyczących budowy receptora): poszukiwanie w komputerowych bankach związków chemicznych potencjalnych nowych związków wiodących, tworzenia nowego zbioru związków aktywnych dla określonego receptora, optymalizacji związków wiodących, ustalenie ilościowej zależności między strukturą a aktywnością metodami 3D-QSAR.
Ograniczenia metody Ograniczeniami metody poszukiwania nowych leków poprzez określenie farmakoforu przy użyciu oprogramowania komputerowego do modelowania molekularnego są: brak dobrych metod oceny znalezionych potencjalnych związków wiodących, a w szczególności brak możliwości oceny kształtu szkieletu molekularnego, co może prowadzić do znajdywania substancji doskonale dopasowanych w zakresie farmakoforu przy całkowitym braku jej aktywności biologicznej, ograniczenia komputerowych baz danych związków chemicznych, które zawierają tylko część możliwych konformacji, co może prowadzić do ominięcia poszukiwanego związku wiodącego, brak zdefiniowanej metody