Wirus Zachodniego Nilu (ang. West Nile virus, WNV) – wirus z rodziny flawiwirusów.
Budowa thumb|Wirus Zachodniego Nilu
Pojedynczy wirion liczy sobie około 50 nm średnicy. Wirion składa się z dwuwarstwy lipidowej pochodzącej z organizmu gospodarza. Pływają w niej białka błonowe: M (membrane) i E (envelope). Od białek tych zależy choćby tropizm tkankowy wirusa i zakres jego gospodarzy. W środku znajduje się rdzeń nukleokapsydu. Więzi on materiał genetyczny wirusa: pojedynczy kwas rybonukleinowy, nić kodującą liczącą 11 000 reszt nukleotydowych. Można w nim wyróżnić okołostunukleotydowy region niekodujący 5', region kodujący o pojedynczej ramce odczytu, odpowiedzialny za kodowanie trzech białek strukturalnych i siedmiu niestrukturalnych w następującej kolejności: capsid-membrane-envelope-NS1-NS2aNS2b-NS3-NS4a-NS4b-NS5, w końcu zaś następuje region niekodujący 3', liczący sobie około 600 reszt nukleotydowych.
Systematyka Już w pierwszej pracy na temat wirusa Zachodniego Nilu zauważono jego immunologiczne podobieństwo do wirusa japońskiego zapalenia mózgu. Wkrótce znaleziono też pokrewieństwo łączące WNV z wirusem St. Louis (SLE), potwierdzono też pokrewieństwo z wirusem japońskiego zapalenia mózgu B.