Prezbiterium i ołtarz główny thumb|Ołtarz główny Baldassare Longhena zaprojektował prezbiterium na planie kwadratu, o takiej samej szerokości, jak kaplice boczne, ale osadzone głębiej. Jego dominantę stanowi ołtarz z monumentalnym, ośmiokątnym tabernakulum. Gdy Longhenę zastąpił karmelitański architekt Giuseppe Pozzo, prezbiterium przeszło zasadniczą transformację. Nowy projekt prezbiterium i głównego ołtarza, przedłożony przez niego około 1700 roku jest, zgodnie z hipotezą niektórych historyków, wynikiem inspiracji dziełami Berniniego, które Pozzo widział podczas swojego pobytu w Rzymie. Postanowił on zmienić prezbiterium w autonomiczną przestrzeń stosując na przemian dynamizm form wklęsłych i wypukłych. Kopuła zastąpiła sklepienie nadając ołtarzowi głównemu wrażenie wznoszenia się ku niebu. Prezbiterium jest podniesione o trzy stopnie powyżej nawy, a próg wejściowy do niego okalają dwie balustrady z marmuru afrykańskiego. Ściany boczne są podzielone pionowo przez cztery pilastry z kapitelami kompozytowymi, wykonanymi z czerwonego, francuskiego marmuru, pomiędzy którymi znajdują się trzy nisze z posągami Sybilli. Na antepedium widnieją cztery anioły z marmuru karraryjskiego, trzymające symbole Eucharystii (winogrona, mannę, baranka i ziarna pszenicy).