Tymczasem Jamy otoczyła niemiecka ekspedycja karna, licząca według niektórych źródeł nawet do tysiąca żołnierzy. Akcją pacyfikacyjną kierowali prawdopodobnie niemieccy oficerowie przysłani z Siedlec. W skład podległych im oddziałów wchodzili funkcjonariusze SS i żandarmerii oraz wschodni kolaboranci. Wśród tych ostatnich znajdowało się nawet do 400 Turkmenów, w tym żołnierze tej samej jednostki nr 0498, którą poprzedniego dnia zaatakowali partyzanci. Józef Fajkowski i Jan Religa twierdzili ponadto, że w pacyfikacji uczestniczyli bliżej niezidentyfikowani „ukraińscy nacjonaliści”. Mieszkańcy Jam spodziewali się niemieckiego odwetu, stąd po zakończeniu nocnej potyczki wielu z nich uciekło do sąsiednich miejscowości. Rankiem wokół wsi zamknął się jednak niemiecki kordon, na skutek czego część niedoszłych uciekinierów została zmuszona do zawrócenia. Ponadto wielu mieszkańców postanowiło pozostać w Jamach, gdyż nie chcieli pozostawiać dobytku bez opieki lub liczyli, że okupanci nie będą mścić się na kobietach, dzieciach i starcach.