Gdy w 1914 wyszło na jaw, że ta piękna, elegancka modelka to osoba interpłciowa, doszło do międzynarodowego skandalu w artystycznym półświatku.
W swojej twórczości dokonała jako jedna z pierwszych zmianę sposobu, w jaki kobiety były przedstawiane w sztuce. Wegener zakwestionowała również role związane z płcią i tożsamością płciową. Dokonywała tego w drobnych gestach, jak na przykład rysując mężczyzn o smukłych ciałach i miękkich liniach lub malując swoją Lili Elbe, raz jako mężczyznę, a raz jako kobietę. mały|Gerda Wegner, Portret Lili (bez daty) Lili Elbe poddała się pierwszej w historii udokumentowanej operacji korekty płci w 1930. W wyniku komplikacji zmarła w rok po tym wydarzeniu w 1931.
Późniejsze życie i śmierć Zrozpaczona po śmierci Lili, Gerda poślubiła włoskiego pilota i dyplomatę majora Fernando Porta w 1931, z którym przeprowadziła się do Maroka. Po rozwodzie w 1936, wróciła do Danii w 1938.
Tworzyła do końca życia, lecz jej późniejsze prace nie odniosły już tak wielkich sukcesów. Nie miała dzieci, żyła samotnie we względnym zapomnieniu. Jej ostatnia wystawa odbyła się w 1939. Podkoniec życia również zmagała się z kłopotami finansowymi;