W tymże odcinku podaje Morganie truciznę (cykutę), aby uchronić Camelot (została ona uratowana przez Morgause). W 26 odcinku poznaje swojego ojca Balinora, a po jego śmierci zostaje Władcą Smoków i wykorzystuje to do zmuszenia Smoka do zaprzestania ataków na Camelot.
Sezon 3: W 27 odcinku zostaje uratowany przez Wielkiego Smoka. W 29 odcinku zostaje aresztowany i skazany na śmierć za praktykowanie magii, gdyż oskarża go o to Gajusz, w którego ciało wszedł goblin. Merlin za pomocą magii ucieka z więzienia i chroni się w mieszkaniu Gwen. Został ułaskawiony przez króla po tym jak Gajusz (z którego wyszedł goblin) zapewnia króla, że chłopiec jest niewinny. W 31 odcinku przyczynia się do upadku Morgany ze schodów (aby zmienić przeznaczenie), która przez to jest bliska śmierci. Młody czarodziej uzdrawia jednak Morganę z pomocą Smoka, a ta następnie chce zabić Uthera, do czego nie dopuszcza Merlin. W 34 odcinku dostaje od Króla Rybaka wodę z jeziora Avalon, która ma Merlinowi "wskazać drogę, gdy wszystko wydaje się stracone". W 36 odcinku magicznie zmienia się w starca i bierze na siebie winę Gwen, aby uratować jej życie, gdyż ścigany za magię był potem starzec, którym w przeszłości był Merlin.