Kontreadmiral), pisując wówczas stanowisko szefa komitetu Technicznego Marynarki Wojennej. 28 kwietnia 1893 roku von Spaun poślubił Emmę Lobmeyr w Trieście. W 1897 roku, w stopniu wiceadmirała (niem. Vizeadmiral), objął dowództwo nad Kaiserliche und Königliche Kriegsmarine oraz został szefem Departamentu Marynarki w Ministerstwie Wojny. Opowiadał się większym zaangażownaiem austro-węgierskiej floty w sprawy międzynarodowe, w związku z czym jednostki Kriegsmarine uczestniczyły w obserwacji działań morskich podczas wojny amerykańsko-hiszpańskiej oraz w tłumieniu powstania bokserów w Chinach. W 1899 roku postulował utworzenie osobnego Ministerstwa Marynarki Wojennej, jednak zdecydowany sprzeciw cesarza Franciszka Józefa uniemożliwił mu realizację tego pomysłu. W tym samym roku, 26 kwietnia, został awansowany na stopień admirała. W wyniku sporu z ministrem wojny Heinrichem von Pitreichem o budżet marynarki zdecydował się przejść w stan spoczynku w 1904 roku.
Upamiętnienie Krążownik SMS „Admiral Spaun” został nazwany na cześć admirała.