Ojciec został powołany przez władze nazistowskie do armii niemieckiej i wysłany na front wschodni II wojny światowej, gdzie skończył jako radziecki jeniec wojenny. Został zwolniony z niewoli w 1947 roku – jak po latach wspominał jego syn, ważył wówczas 85 funtów (ok. 39 kg) i był „złamanym człowiekiem”. W następnych latach był częstym pensjonariuszem sanatoriów i zmarł przedwcześnie.
Młody Eric Carle dorastał w III Rzeszy i miał okazję widzieć Adolfa Hitlera, a także dostać autograf od Erwina Rommla. Był uczniem zorganizowanej według panującego w III Rzeszy modelu politycznego szkoły. Wiele lat później wspominał, że cechowały ją ciasne sale lekcyjne, twarde ołówki, racjonowanie papieru i stosowanie kar cielesnych. W 1944 roku, mający wówczas 15 lat Carle uniknął poboru do wojska ze względu na młody wiek i amerykańskie obywatelstwo. Został jednak zwerbowany przez władze do kopania okopów na linii Zygfryda.