Stan wód (ogólny) powierzchniowych determinowany jest przez stan chemiczny i ekologiczny, a wód podziemnych przez stan chemiczny i ilościowy. Zgodnie z zasadą najgorszy decyduje, wystarczy by jeden z tych stanów był poniżej dobrego, aby stan wód był oceniony jako zły.
W celu wypracowania wspólnych dla wszystkich krajów, które przyjęły RDW, metod monitoringu i oceny stanu chemicznego, w ramach Wspólnej Strategii Wdrażania RDW (WFD CIS) przy Komisji Europejskiej powołano grupę roboczą „Chemicals”. Monitoring stanu chemicznego wód powierzchniowych jest oparty na wydanym w ramach CIS przewodniku nr 19 mającym status dokumentu technicznego Wspólnot europejskich.
W 2013 roku na obszarze Polski oceniono stan chemiczny 669 jednolitych części wód rzecznych. Wśród nich 442 jcw miały dobry stan chemiczny, przy czym na obszarze dorzecza Wisły to było 317 jcw (przy 103 jcw o stanie chemicznym poniżej dobrego), na obszarze dorzecza Odry 108 jcw (przy 118 jcw o stanie chemicznym poniżej dobrego), a na obszarze pozostałych obszarów dorzeczy 17 jcw (przy 6 jcw o stanie chemicznym poniżej dobrego).