Lęgi Rozród fletowców kapturowych, jak i innych fletowców, jest słabo poznany. Gniazda z jajami znajdowano w środku listopada i lutego, a z pisklętami późnym październikiem, w środku grudnia i lutego. Zniesienie może liczyć 1 lub 2 jaja; mają one wymiary około 30 na 21 mm. Między 20 a 24 czerwca 1995 obserwowane było gniazdo w górach Fakfak. W środku znajdowały się pisklęta (2), prawdopodobnie kilka dni przed pełnym opierzeniem się. Gniazdo miało formę kubeczka ze splecionych pnączy. Badacze zaobserwowali gniazdowanie kooperatywne. Osobniki młodociane opierzały się, uzyskując kolory właściwe dorosłym ptakom, z pominięciem szaty młodocianej. Prawdopodobnie nawet jeśli młode nie mają w swych ciałach toksyn, upierzenie na wzór dorosłych chroni je przed drapieżnikami.
Status zagrożenia IUCN uznaje fletowca kapturowego za gatunek najmniejszej troski (LC, Least Concern) nieprzerwanie od 1988 (stan w 2025). Ptaki tego gatunku są lokalnie pospolite, mniej licznie tam, gdzie współwystępują z P. kirhocephalus. Ze względu na brak dowodów na spadki