W kraju piastował różne stanowiska, pnąc się konsekwentnie w górę. Przez lata był księdzem w wiejskiej parafii, następnie pracował w seminariach duchownych. W 1966 roku został sekretarzem Konferencji Biskupów Salwadoru. Uważany był za dobrego administratora, przeciwnikiem angażowania się Kościoła w politykę, znany był jako dobry kaznodzieja, jego homilie i kazania wygłaszane w czasie mszy nadawało pięć stacji radiowych.
Biskup W 1970 roku otrzymał sakrę biskupią. Postrzegano go jako kandydata bezpiecznego, wystarczająco konserwatywnego, by nie sprawiać kłopotów. Romero pracował jako asystent starszego arcybiskupa San Salvadoru. Początkowo był biskupem pomocniczym arcybiskupa Salwadoru. W 1974 roku został biskupem Santiago de Maria.
W tym czasie Salwadorem rządziła junta wojskowa, na której wspieranie Stany Zjednoczone rządzone przez Jimmy’ego Cartera przeznaczały 1,5 miliona dolarów dziennie. Ludność była terroryzowana przez wojsko, policję i prawicowe bojówki. W kraju szalały szwadrony śmierci. 40% ziem uprawnych należało do kilku bogatych rodzin. Większość obywateli żyła w skrajnej nędzy. Istniał oddolny ruch protestu, lecz wyrażanie własnej opinii równało się w tym czasie wyrokowi śmierci. Coraz większa część społeczeństwa zdawała sobie sprawę z panującej w kraju niesprawiedliwości.