Hawking stopniowo tracił władzę nad kończynami i głosem. Do końca życia był prawie kompletnie sparaliżowany. Od 1974 nie był w stanie samodzielnie wstać z łóżka. Mowa stała się tak niewyraźna, że zrozumieć mogli go tylko ludzie, którzy go dobrze znali. W 1985 podczas pobytu w CERN w Genewie zachorował na zapalenie płuc, która to choroba w jego warunkach zagrażała życiu, ponieważ zmniejszała jego i tak ograniczoną wydolność płuc i musiał przejść tracheotomię, w wyniku czego stracił mowę. W późniejszym okresie choroba sprawiła, że był prawie całkowicie sparaliżowany, poruszał się na wózku inwalidzkim, a ze światem zewnętrznym porozumiewał się przy pomocy syntezatora mowy, do którego wprowadzał wypowiedzi przez wirtualną klawiaturę. Bardzo długo używał nieprodukowanego już DECtalk DTC01 mającego amerykański akcent. Zapytany, dlaczego wciąż go używa, odparł, iż nie słyszał lepiej brzmiącego głosu i identyfikuje się z nim. Ponieważ urządzenie to jest już według współczesnych standardów przestarzałe, a ponadto duże i wrażliwe na uszkodzenia, musiał znaleźć zamiennik. W połowie 2009 używał NeoSpeech VoiceText. W publicznych wystąpieniach pojawiał się, mówiąc płynnie, ale w rzeczywistości był to żmudny i czasochłonny proces.