W lipcu 1945 roku wrócił do kraju i zamieszkał w Szczecinie. Był współorganizatorem i dyrektorem Przedsiębiorstwa Spedycji Międzynarodowej „C. Hartwig” w Szczecinie. 6 kwietnia 1949 roku został aresztowany przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa. Po trwającym 28 miesięcy śledztwie został skazany na karę 6 lat pozbawienia wolności. W 1955 roku został zwolniony z więzienia, a 4 grudnia 1956 roku zrehabilitowany. Zmarł 15 listopada 1984 roku w Szczecinie. Pochowany na cmentarzu Centralnym.
Franciszek Knapp był żonaty z Aleksandrą, z którą miał dwie córki: Alina Knapp, ps. „Wacka”, urodzona 9 czerwca 1922 roku w Tarnopolu, w powstaniu warszawskim była łączniczką w kompanii przeciwpancernej porucznika „Kowalskiego”, po kapitulacji powstania w niewoli niemieckiej, a później na emigracji w LondynieAlina Knapp, Powstańcze Biogramy, Muzeum Powstania Warszawskiego ., Danuta Knapp po mężu Wrona, ps.