Jest członkiem Polskiej Akademii Nauk, Wydziału II Nauk Biologicznych i Rolniczych, Komitetu Cytobiologii. W latach 2019–2024 był wiceprzewodniczącym Rady Agencji Badań MedycznychProf. Bogusław Machaliński wiceprzewodniczącym Rady ABM, pum.edu.plRektor PUM Bogusław Machaliński odwołany z rady Agencji Badań Medycznych i drugiej ważnej rady, szczecin.wyborcza.pl [2024-01-19].. Wchodził w skład rady Polskiej Fundacji Narodowej. W 2025 prezydent Karol Nawrocki powołał go w skład Rady Zdrowia.
Jest autorem lub współautorem 391 publikacji o sumarycznym współczynniku oddziaływania (IF) > 822Profil osoby. Prof. dr hab. Bogusław Machaliński na stronie Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego w Szczecinie (dostęp 05.07.2024), h-indeks 35 (wg Web of Science)Prof. dr hab. n. med. Bogusław Machaliński na stronie Kongresu ZDROWIE POLAKÓW (dostęp 05.07.2024). Był kierownikiem łącznie 18 grantów naukowo-badawczych, w tym 4 międzynarodowych i 3 konsorcyjnych. Obecnie kieruje zadaniami ze strony polskiej w ramach międzynarodowego konsorcjum AMBeR finansowanego przez Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego w ramach programu EU Interreg South Baltic. Z sukcesem przeprowadził zgłoszenia dwóch wynalazków, które uzyskały patent europejski: Kit for cord blood collection oraz Composition for the intravitreal administration of therapeutic protein.