Wnętrze bazyliki to olbrzymi owalny budynek z owalną kopułą. Wysoka na 42 m, dominuje w panoramie miasta i portu Marsamxett. Jest wyższa niż dzwonnica bezpośrednio przylegającej do bazyliki anglikańskiej katedry św. Pawła. Podstawa kopuły ma półkoliście zwieńczone okna, biegnące dookoła, a gładki hełm ponad nimi zakończony jest szczytową małą kopułą. Z sufitu zwisają żyrandole.
Jasne ściany, wykonane z piaskowca, mają czerwonobrązowe półokrągłe marmurowe filary z rzeźbionymi głowicami. Pomiędzy filarami są rzeźbione łuki. W każdym znajduje się mały ołtarz z niewielkim medalionem ponad nim. Powyżej jest większy obraz, z ramą misternie rzeźbioną w aniołki i cherubiny.
Na końcu bazyliki, w półokrągłej rzeźbionej absydzie, znajduje się ołtarz wsparty na czterech cherubinach. Cztery filary z czerwonego marmuru, ze wspaniale zdobionymi bazami i głowicami, zwieńczone figurami aniołów, wspierają drewniany baldachim z krzyżem ponad nim. Na spodniej stronie baldachimu, ponad ołtarzem, pięknie wykonana gołębica, symbol Ducha Świętego. Wykonanie wszystkich prac rzeźbiarskich wewnątrz, zajęło rzeźbiarzowi Josephowi Damato ponad 19 lat.