Na terenie Estonii zostało zewidencjonowanych 2804 jeziora.
Największe jeziora Największe jeziora Estonii # Nazwa Powierzchnia (ha) Maks. głębokość (m) Śr. głębokość (m) Długość linii brzegowej (m) Uwagi1. Pejpus 351144,9 17,6 8,0 788410 współdzielone z Rosją, 1570 km² w Estonii2. Võrtsjärv 26901,5 6,0 2,8 1308743. Zbiornik Narewski 10226,8 9,0 1,9 209484 współdzielone z Rosją, 40 km² w Estonii4. Ülemiste 940,9 4,2 2,5 15219 źródło pitnej wody Tallinna5. Saadjärv 724,5 25,0 8,0 193626. Vagula 602,8 11,5 5,3 178387. Suurlaht 531,0 2,1 1,2 16173 część Mullutu-Suurlaht8. Veisjärv 481,1 4,0 1,3 90479. Ermistu 456,2 2,9 1,3 1954510. Paunküla Reservoir 415,8 8,7 3,4 25541 źródło pitnej wody Tallinna11. Mullutu laht 412,7 1,7 0,9 19530 część Mullutu-Suurlaht12. Kuremaa 399,6 13,8 5,9 1126113. Karujärv 345,6 5,5 1,6 1227614. Kahala 345,2 2,8 0,9 872715. Tõhela 338,5 1,5 1,3 1202116. Pühajärv 290,7 8,5 4,3 1633217. 2. zbiornik osadowy Narewskiej Elektrowni Cieplnej 290,6 935418. Endla 285,9 2,4 1,5 2805719. Koosa 282,7 1,9 1,2 774120. Soodla Reservoir 262,8 13,0 3,2 2654221. Kaiavere 248,0 5,0 2,8 844222. Aheru 232,5 4,5 3,7 1012723. Undu Bay 226,9 1672224. Tamula 208,9 7,5 4,2 646525. Hino 207,1 10,4 3,1 1151626. Sutlepa Sea 203,3 1,5 1,2 1180227. Kalli 198,7 1,4 1,1 1163428. Raku 196,9 12,0 7,0 1508329.