L Lahepera (jezioro) – pow. 100,4 ha Laho Lämmijärv Lasva Lavassaare – 196 ha Leego – 85,6 ha Leevaku paisjärv Leigo Liisagu järv – 5,9 ha Linajärv – 3,1 ha Lohja Lõõdla Loosu Luigetiik Lüübnitsa umbjärv
M Maardu – pow. 160 ha Maksameri Männiku Mätasjärv – 0,5 ha Matsimäe Pühajärv – 5,5 ha Meelva Mehikoorma Umbjärv Möldri meri Mõrtsuka – 23,4 ha Mullutu laht – 412,7 ha Murati – 65,8 ha
N Zbiornik Narewski – pow. 102,27 km² Neitsijärv Niinsaare – 6,2 ha Noodasjärv Nootjärv – 2,1 ha
O Oessaare laht Õisu
P thumb|Jezioro Peipus, pomiędzy Estonią a Rosją Pabra Paide Tehisjärv Paidra Palojärv Palojüri Pannjärv Pappjärv Paukjärv Pejpus (Peipsi) Pesujärv Jezioro Pskowskie (Pihkva) Piirakajärv Pillejärv Plaani Külajärv Põldealune laht Porkuni Põrmujärv Prossa Pühajärv Pullijärv
R Raadi Rääkjärv Räätsma Rahtla Kivijärv Raku Raigastvere Räpina paisjärv Ratasjärv Ratva Rõuge Liinjärv Rõuge Suurjärv Rõuge Valgjärv Ruusmetsa järv