Tomáš Koubek (ur. 26 sierpnia 1992 w Hradcu Králové) – czeski piłkarz grający na pozycji bramkarza. Od 2017 jest piłkarzem klubu Stade Rennais.
Kariera klubowa Swoją karierę piłkarską Koubek rozpoczął w klubie FC Hradec Králové. W 2010 roku awansował do kadry pierwszego zespołu. 30 kwietnia 2011 zadebiutował w jego barwach w pierwszej lidze czeskiej w wygranym 2:1 wyjazdowym meczu z FK Mladá Boleslav. W sezonie 2012/2013, w którym stał się pierwszym bramkarzem, zajął z Hradcem Králové ostatnie 16. miejsce w lidze i spadł z nim do drugiej ligi. W sezonie 2013/2014 wywalczył z Hradcem Králové wicemistrzostwo drugiej ligi i powrócił do pierwszej ligi. W Hradcu Králové grał do końca sezonu 2014/2015.
Latem 2015 Koubek przeszedł do Sparty Praga, ale na sezon 2015/2016 został wypożyczony do Slovana Liberec. Swój debiut w nim zaliczył 26 lipca 2015 w wygranym 4:2 domowym meczu z FK Mladá Boleslav.
W 2016 roku Koubek wrócił do Sparty, w której zadebiutował 7 sierpnia 2016 w zremisowanym 0:0 wyjazdowym meczu z FK Teplice.
28 sierpnia 2017 roku podpisał 4–letni kontrakt z pierwszoligowym Stade Rennais.