Ostatecznie odzyskała wolność 29 października 1537 roku.

W 1539 roku Małgorzata i Maria Fitzroy, księżna Richmond i Somerset zostały wyznaczone do pocztu, który miał przywitać na ziemi angielską przyszłą czwartą już żonę Henryka VIII Annę Kliwijską, przybyć wraz z nią do pałacu w Greenwich, dołączyć do jej dworu i zdawać królowi raporty o wyglądzie, zachowaniu i manierach przyszłej królowej. Było to wielkim zaszczytem dla Małgorzaty, ale nieoczekiwanie król zdecydował się osobiście spotkać z Anną w Rochester.

W 1540 roku Małgorzata po raz kolejny naraziła się wujowi nawiązując romans z bratankiem Tomasza Howarda, Karolem. Był on synem starszego przyrodniego brata Tomasza – Edmunda Howarda i bratem piątej żony Henryka VIII, Katarzyny Howard.

W 1543 roku była jedną z osób, które doprowadziły do ostatniego małżeństwa króla, z Katarzyną Parr, wdową po baronie Latimer zawartego w pałacu Hampton Court. Małgorzata została jedną z najbardziej wpływowych osób na dworze i bliską przyjaciółką królowej Katarzyny, którą znała od wczesnej młodościDavid Starkley: Królowe. Sześć żon Henryka VIII str.