W 1566 roku hrabina Lennox została uwięziona w londyńskiej Tower przez obawiającą się jej wpływów i możliwego aliansu kuzynki z królową Szkotów, ale została uwolniona w kilka dni po morderstwie jej syna Henryka, lorda Darnley w 1567 roku. Małgorzata (podobnie zresztą jak niemal cała ówczesna Europa) uznała Marię za winną morderstwa syna, ale według niektórych źródeł miała później się z nią pogodzić. Utrzymywała z byłą królową kontakt korespondencyjny zarówno gdy ta przebywała jeszcze w Szkocji, jak i wówczas, gdy uciekła do Anglii i została uwięziona, przez obawiającą się jej wpływów kuzynkę Elżbietę I. Wkrótce zresztą jej mąż hrabia Lennox został regentem Szkocji w imieniu swojego będącego wówczas jeszcze niemowlęciem wnuka Jakuba i w niespełna rok później, w 1571 roku został zamordowany na oczach małego króla przez obawiających się wzrostu znaczenia frakcji katolickiej szkockich arystokratów. W 1574 Małgorzata po raz kolejny ściągnęła na siebie gniew swojej koronowanej kuzynki, żeniąc swojego młodszego syna, Karola, piątego hrabiego Lennox z Elżbietą Cavendish, pasierbicą Jerzego Talbota, szóstego hrabiego Shrewsbury i jedną z najbogatszych dziedziczek na wyspie, bez (wymaganej w takich przypadkach) zgody królowej.