Z żoną Krystyną Fust miał czterech synów: Grationa, który stworzył w Austrii własną drukarnię, Johanna, który przejął moguncki warsztat ojca, Petera, który został drukarzem muzykaliów w Moguncji, Strassburgu, Bazylei i Wenecji, i Ludwika, o którym nic nie wiadomo. Córka Katarzyna poślubiła Botho Bothę, syna Konrada Bota, prawdopodobnie autora „Cronecken der Sassen”, ostatniego znaczącego dzieła drukowanego w oficynie Schöffera.
Istotne dzieła „Psałterz moguncki” z 1457 roku, jeden z najcenniejszych starodruków (wydrukowany wspólnie z Janem Fustem); zastosowano w nim po raz pierwszy matrycę w trzech kolorach, 42-wierszowa Biblia Gutenberga z 1462 roku (czwarta drukowana Biblia na świecie), „Hortus Sanitatis” z 1485 roku pierwszy zielnik wydrukowany w Niemczech (pod niemieckim tytułem „Gart der Gesuntheit”), „Herbarius zu Teutsch”, niezwykle popularne dzieło, o czym świadczy dziesięciokrotny jego przedruk przed 1499 rokiem, dzieło to ilustruje i opisuje 150 roślin i 96 leków powszechnie spotykanych w aptekach, „Cronecken der Sassen” z 1492 roku („Kroniki saksońskie”).